Le premier réflexe à avoir pour endiguer l’infection et la transmission intra ou inter espèce est de procéder à un traitement hygiénique. Ce dernier est primordial pour réduire la pression parasitaire et pour éviter une recontamination du chien après traitement. Sans mesures hygiéniques, la recontamination de l’animal est très rapide, vu le cycle de reproduction court des Giardias et les moyens de contamination énoncés plus tôt (Partie I. 3).
Le protocole hygiénique à mettre en place inclut le lavage du chien infecté et des congénères en contact. Ce lavage est crucial pour éviter les re-contaminations, puisque le chien, en se léchant pour faire sa toilette, dissémine les kystes de G. duodenalis sur son pelage. Une étude montre qu’un shampooing classique pour chien est efficace, surtout grâce à l’action mécanique du lavage qui permet l’élimination des kystes du pelage de l’animal. Il peut être préconisé de préférer l’utilisation d’un shampooing à base de chlorhexidine, bien que la chlorhexidine n’ait pas d’action giardicide démontrée. Enfin, le propriétaire devra notamment insister sur le lavage de la zone périanale.
Le lavage du chien doit être effectué au milieu de la période de traitement. En effet, au début du traitement, le chien excrète toujours des kystes dans ses selles, une recontamination du pelage est donc possible. De même, laver le chien à la fin du traitement n’est pas plus intéressant; en effet, en se léchant au cours du traitement, il va ingérer des kystes infectants qui n'auront donc pas été soumis au traitement.